El Doctorado en Microbiología se imparte de manera coordinada entre la Universidad de Santiago y la Universidad de Chile.
El Programa estará orientado a formar investigadores preparados para abordar el quehacer de las distintas áreas de la Microbiología, ya sea en aspectos básicos de la disciplina tales como Biología Molecular y Biología Molecular de Virus e Inmunología Avanzada o en aspectos más aplicados de esa área tales como Microbiología y Biotecnología Ambiental.